Num futuro próximo, uma subida repentina e inexplicável do mar deixou grande parte da civilização humana submersa. Ikaruga Natsuki, um menino que perdeu a mãe e a perna em um acidente alguns anos antes, retorna desiludido de uma vida dura na cidade grande e encontra sua antiga casa no campo meio engolida pelo mar. Sem família, tudo o que ele tem em seu nome é o navio e o submarino deixados por sua avó oceanóloga e as dívidas dela.
Sua única esperança de restaurar os sonhos para o futuro que perdeu é aproveitar a oportunidade que lhe foi apresentada pela suspeita cobradora de dívidas Catherine. Eles partiram para vasculhar as ruínas submersas do laboratório de sua avó, a fim de encontrar um tesouro que dizem que ela saiu de lá. Mas o que encontram não são riquezas ou jóias; é uma garota estranha dormindo em um caixão no fundo do mar. Atri.
Atri é um robô, mas sua aparência e sua riqueza de emoções levariam qualquer um a pensar que ela é um ser humano que vive e respira. Em gratidão por ter sido salva, ela faz uma declaração a Natsuki: “Quero cumprir a ordem final do meu mestre. Até que isso aconteça, serei sua perna!
Em uma pequena cidade que está sendo lentamente envolvida pelo oceano, um verão inesquecível está prestes a começar para esse garoto e essa misteriosa garota robô…
(Fonte: Aniplex.EXE, editado)